[TOC]
# 新用户的基本配置
    # 版本Version: V1.0,2025.6.15
    # 用于：兽医宏基因组检测技术分析流程（V1.0,2025.6.15）
    # 操作系统适用: Centos7、Centos8、Centos stream9/10及Ubuntu22.04+等linux系统。
    # 作者：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所_动物生物安全与公共卫生防控科技创新团队，沈青春
    
# 一、新用户配置
 passwd                                                                         # 修改登陆密码，需两次输入后，确认修改。
 mkdir software                                                                 # 创建文件夹
 cd software                                                                    # 进入文件夹
 wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  # 下载最新版本的Miniconda3
 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh                                         # 运行安装Miniconda3软件（该软件的功能类似于App仓库、应用商店）
 source ~/.bashrc                                                               # 完成初始化，用户名前出现（base）表述安装和初始化成功。
 
# 二、软件安装通道管理
conda config --add channels bioconda                                            # 生物软件
conda config --add channels conda-forge                                         # Highest priority
conda config --show-sources

# # 添加阿里云镜像源
# Conda config ——add channels https://mirross.aliyun.com/anaconda/pkgs/free/
# Conda config ——add channels https://mirross.aliyun.com/anaconda/pkgs/main/
# 
# #附加中科大源
# conda config --add channels https://mirrosrs.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# conda config --add channels https://mirrosrs.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
# conda config --add channels https://mirrosrs.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
# conda config --add channels https://mirrrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
# conda config --add channels https://mirrrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
# conda config --add channels https://mirross.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo
# 
# # 添加清华源
# conda config --add channels https://mirrosrs.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
# conda config --add channels https://mirrosrs.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
# conda config --add channels https://mirrosrs.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
# # 设置搜索时间显示通道位置
# conda config --set show_channel_urls yes

# conda info                                                                      # 查看目前conda源都有哪些内容                           
# conda config --remove-key channels                                              # 删除并恢复默认的conda源
# conda config --add channels *                                                   # 添加指定源，*指代你要添加的源
# conda config --set show_channel_urls yes                                        # 设置安装包时，显示镜像来源，建议显示
# conda config --remove channels *                                                # 删除指定源，*代表你要删除的源


# 三、软件安装
conda install mamba -c conda-forge -y                                           # 安装mamba，用于软件的快速安装工具。
conda env list                                                                  # 查看虚拟环境列表。

## 3.1 安装质控软件
conda create -n qualify                                                         # 创建名为qualify的虚拟环境
conda activate qualify
mamba install -y fastqc multiqc fastp trimmomatic trim-galore                   # 安装常用质控及质量评估软件
### 运行版本号查看，简单测试。
fastqc  --version                         # FastQC v0.12.1                                         
multiqc --version                         # multiqc, version 1.29
fastp   --version                         # fastp 0.26.0
trimmomatic -version                      # 0.39
trim_galore -version                      # version 0.6.10
conda deactivate                                                                #退出虚拟环境

## 3.2 安装去宿主（注释）
conda create -n kneaddata                                                       # 创建名为kneadata的虚拟环境
conda activate kneaddata 
mamba install -c bioconda kneaddata bowtie2 trimmomatic fastqc multiqc -y       # 去宿主相关软件
kneaddata  --version                       # 
conda deactivate  

## 3.3 安装kraken2软件（注释）
conda create -n kraken2                                                         # 创建名为kraken2的虚拟环境
conda activate kraken2 
mamba install -c bioconda kraken2=2.1.2 -y                                      # 安装kraken2 注释软件(指定版本号)
kraken2  --version                        # Kraken version 2.1.3
conda deactivate  

## 3.4 安装krona软件（结果呈现）
conda create -n krona                                                           # 创建名为kraken2的虚拟环境
conda activate krona 
mamba install -y  krona bracken krakentools r-optparse                          # 安装krona及相关软件
kreport2krona.py   -h                      # usage: kreport2krona.py [-h] -r R_FILE

## 3.5 宏基因组数据拆分
conda create -n seqtools
conda activate seqtools
mamba install -c bioconda taxonkit seqtk
taxonkit version    # taxonkit v0.20.0
seqtk               # Version: 1.5-r133

## 3.6 安装组装和基因预测软件
conda create -y -n megahit
conda activate megahit
mamba install  -y megahit spades quast cd-hit emboss salmon prodigal            # 安装组装于基因预测相关软件
### megahit安装后测试
megahit -v                                # MEGAHIT v1.2.9
metaspades.py -v                          # SPAdes genome assembler v4.2.0 [metaSPAdes mode]
metaquast.py -v                           # QUAST v5.3.0 (MetaQUAST mode)
cd-hit -v | grep version                  # CD-HIT v4.8.1
embossversion                             # EMBOSS v6.6.0.0
salmon -v                                 # salmon v1.10.3
conda deactivate 

## 3.7 耐药性分析软件
## 3.7.1 CARD耐药基因
# CARD在线分析平台：https://card.mcmaster.ca/ 
# 本地软件使用教程: https://github.com/arpcard/rgi
# 参考文献：http://doi.org/10.1093/nar/gkz935
# 结果说明：protein.json，在线可视化；protein.txt，注释基因列表
# mkdir -p result/card
conda create -y -n rgi6
conda activate rgi6
mamba install -c bioconda rgi
    
# db=/home/rcgh/DB/card
# 数据库部署
# mkdir -p ${db} && cd ${db}
# 下载最新版数据库，40.5M (2025-5-29, 4.0.1)
# wget -c https://card.mcmaster.ca/latest/data
# 解压后35M
# tar -xvf data ./card.json
    
# https://www.jianshu.com/p/c6a72a523f75
# wget -c https://card.mcmaster.ca/download/0/broadstreet-v3.3.0.tar.bz2
# tar -vxjf broadstreet-v3.3.0.tar.bz2
    
# 加载数据库
rgi load --local -i /home/rcgh/DB/card/card.json
rgi database --version --local
conda deactivate 
    
## 3.7.2 耐药及毒力基因分析
conda create -n antibioc
conda activate antibioc
mamba install -y abricate                                  
abricate --list                                      # 查看现有数据库，BRicate可以调以下9个数据库的最新版本
   # • ARG-ANNOT：基于argannot耐药数据库
   # • CARD：基于加拿大CARD耐药数据库
   # • EcOH：用于大肠杆菌O/H抗原分析
   # • Ecoli_VF：基于大肠杆菌毒力基因
   # • MEGARES：基于megares耐药数据库
   # • NCBI：基于NCBI的耐药数据库 
   # • Plasmidfinder：用于质粒扫描
   # • resfinder：基于resfinder耐药数据库
   # • VFDB：基于vfdb毒力基因数据库
   
#### 使用方法：
cat metadata.txt |while read id; do \
abricate --db plasmidfinder --mincov 90 --minid 90 --csv result/metaspades/${id}_contigs.fasta > result/abricat/plasmidfinder/${id}.plasmidfinder.result.csv>&1;\
abricate --db card --mincov 90 --minid 90 --csv --csv result/metaspades/${id}_contigs.fasta > result/abricat/card/${id}.card.result.csv>&1; \
abricate --db vfdb --mincov 90 --minid 90 --csv --csv result/metaspades/${id}_contigs.fasta > result/abricat/vfdb/${id}..vfdb.result.csv>&1;\
done
# --minid DNA identity阈值设置，默认是80%
# --mincov DNA coverage 阈值设置，默认是80%
conda deactivate 